Минтранс и Росграница продолжают добиваться ускорения и упрощения оформления судов в морских пунктах пропуска. Между тем, идея создания общепортовых пунктов пропуска натолкнулась на запутанные имущественные отношения в морских портах. Другой проблемой является сложность координации действий различных контролирующих структур.