В регионе деятельности управления находятся ППУ «Новые Юрковичи» Климовского таможенного поста, ППУ «Новозыбковский» Новозыбковского таможенного поста и Суражский таможенный пост Брянской таможни, а также ППУ «Красный», «Понятовка», «Клюкино», «Сеньково», «Рудня», «Красное» Западного таможенного поста сбора и анализа информации о контроле за доставкой товаров Смоленской таможни.
В Смоленской и Брянской областях определены таможенные органы, которые будут осуществлять завершение таможенных операций и проведение последующей корректировки таможенных документов, принятых к оформлению ликвидируемыми таможенными постами и отделами таможенного оформления и таможенного контроля таможенных постов.