На Балтийском участке границы, как ключевые пункты пропуска, расположенные в створах транспортных коридоров, вошли 7 морских пунктов пропуска: Международный транспортный коридор «Север-Юг» (все пункты пропуска, кроме Брусничного шлюза); Панъевропейский транспортный коридор N9 (все пункты пропуска, кроме Брусничного шлюза), Международный транспортный коридор «Транссиб» («Запад-Восток») (Выборг, Усть-Луга, морской порт Большой Порт Санкт-Петербург).
На Арктическом участке границы в проект ФЦП вошли 3 из 4 объективно действующих морских пунктов пропуска Северного морского пути (Архангельск, Мурманск, Кандалакша).
В настоящее время в зоне ответственности Северо-Западного территориального управления Росграницы находится 9 морских пунктов пропуска на Балтийском участке границы: Усть-Луга, морской порт Большой порт Санкт-Петербург, Василеостровский грузовой район, «База Литке», Пассажирский порт Санкт-Петербург, Приморск, Высоцк, Выборг, Брусничное шлюз и 8 морских пунктов пропуска на Арктическом участке границы: Нарьян-Мар, Варандей, Архангельск, Онега, Мезень, Мурманск, Кандалакша, Кемь.
СЗТУ Росграницы проводит работу по оптимизации количества морских пунктов пропуска Северо-Западного федерального округа. Ведется изучение и сбор материалов по возможному закрытию морских пунктов пропуска Нарьян-Мар и Кемь. Одновременно рассматривается вопрос об открытии к 2017 году нового, более перспективного морского пункта пропуска Беломорск. На Балтийском участке границы уже закрыт не действовавший пункт пропуска Невский грузовой район, рассматривается предложение по закрытию Василеостровского грузового района.
Как напоминают в Росгранице, в настоящее время в России функционируют 75 морских пунктов пропуска. Из них только 6 обустроены и открыты в установленном порядке. В остальных пунктах пропуска требуется проводить определение пределов сложносоставных пунктов пропуска, реконструкцию зданий, помещений и сооружений, необходимых для организации пограничного, таможенного и иных видов контроля, их оборудования и технического оснащения в соответствии с требованиями контрольных органов.