В 2007 году в ходе арбитражного разбирательства ООО «Калининградская морская судоходная компания» признало себя заемщиком перед КМТП на общую сумму 65 млн 760 тыс. руб. В счет погашения займа судоходная компания обязалось передать в собственность порту нефтеналивное судно «Измаил» стоимостью 38 млн 500 тыс. 432 руб., автомобиль Renault Scenic стоимостью 589 тыс. 800 руб., а оставшуюся задолженность в размере 26 млн 669 тыс. 768 руб. погасить денежными средствами.
14 декабря 2007 года Калиниченко от имени КМТП подписал с ООО «Калининградская морская судоходная компания» акт приема-передачи морского судна «Измаил». Тем не менее, судно «Измаил» на баланс ОАО «Калининградский морской торговый порт» не поступило. Новый генеральный директор КМТП Владислав Дорофеев, сменивший Владимира Калиниченко в 2009 году, обратился в ФГУ «Администрация морского порта Калининград» для регистрации права собственности на судно, однако в регистрации КМТП было отказано в связи с тем, что 1 апреля 2008 года «Измаил» был исключен из российского международного реестра судов. Танкер перешел в собственность оффшорной компании Baltic investment maritime company LTD (Charlestown, Nevis).
Арбитражный суд Калининградской области признал, что бездействие Владимира Калиниченко в должности генерального директора ОАО «Калининградский морской торговый порт» по своевременному оформлению морского судна «Измаил» в собственность КМТП нанесло ущерб предприятию на сумму 34 млн 815 тыс. 637 руб. и признал необходимым взыскать сумму ущерба из личных средств Владимира Калиниченко плюс оплату государственной пошлины в размере 197 тыс. 78 руб.