Принципы работы государственной системы «Нефтеконтроль» заключаются в учете абонентов системы путем ведения Реестров производителей нефтяного сырья, производителей нефтепродуктов и субъектов перевалки и хранения нефтепродуктов. А также в контроле за производством и перемещением нефтересурсов посредством балансового учета по всем объектам наблюдения системы на основе данных отчетности абонентов системы; информации, получаемой в рамках межведомственного взаимодействия; сведений о движении зарегистрированных в системе партий нефтересурсов.
Информационное взаимодействие участников государственной системы «Нефтекнотроль» будет осуществляться на основе равнодоступности всех участников системы к информационным ресурсам системы, сформированным на основе данных отчетности и ведомственной информации.
Предметом наблюдения ГС «Нефтеконтроль» являются нефтяное сырье и продукты его переработки в соответствии с единым перечнем нефтересрусов (гармонизированным классификатором), соответствующим технологической структуре производства нефтересурсов в Российской Федерации.
По данным Минэнерго, в рамках системы контроль осуществляется за объектами трех типов: объекты производства нефтяного сырья (добыча из недр); объекты производства нефтепродуктов (НПЗ, мини-НПЗ, ГПЗ, нефтебазы смешения); объекты слива/налива, перевалки (железнодорожные, морские, речные терминалы, ПСП трубопроводных систем, перевалочные и распределительные нефтебазы) нефтересурсов.
Экономическая эффективность функционирования государственной системы «Нефтеконтроль» заключается в снижении потерь вследствие выявления фактов хищений нефти и нефтепродуктов с объектов производственной и транспортной инфраструктуры с последующей легализацией и сбытом; снижение потерь бюджета в части таможенных поступлений, связанных с преднамеренной пересортицей видов нефтересурсов в целях ухода от уплаты таможенных платежей; снижение потерь бюджета, связанных с деятельностью неконтролируемых мини-НПЗ, не предоставляющих отчетность по своей производственной деятельности и не выполняющих требования технического регламента по качеству моторных топлив. Для нефтяных компаний, считают в Минэнерго, единая система сулит снижение потерь, связанных с недобросовестной конкуренцией, хищениями нефти и нефтепродуктов.