Как установлено следствием, в мае 2006 года Правительством Астраханской области заключено трехстороннее соглашение о взаимовыгодном сотрудничестве с государственным предприятием Астраханской области «Астраханский морской рыбный порт» (ГП АО «АМРП») и ОАО «Совфрахт» (Москва) для привлечения инвестиций путем создания закрытого акционерного общества. Фактически на базе ГП АО «АМРП» было создано новое предприятие - ЗАО «Астраханский морской порт», которому были переданы в собственность все основные средства государственного предприятия, эквивалентные 49% акций ЗАО.
В дальнейшем Попова издала распоряжение о сдаче причальных сооружений порта, не переданных в уставный капитал ЗАО, ему в аренду по заведомо не выгодной для госпредприятия стоимости 3,2 млн руб. (против 7-11 млн – по независимым экспертным оценкам). При этом Поповой были проигнорированы возражения госпредприятия против заключения договора, ущемляющего его экономические интересы, что повлекло срыв инвестиционного бизнес-плана развития и последующее банкротство госпредприятия (интересы которого, являясь представителем министерства, т.е. учредителя, она обязана защищать и поддерживать), говорится в материалах СКП.
Кроме того, в 2007 году в нарушение действующего законодательства Попова самостоятельно, без согласия Правительства Астраханской области, издала распоряжения, на основании которых осуществлена реализация принадлежащих ГП АО «АМРП» портального крана и дизельного погрузчика посредством оформления договора купли-продажи без проведения аукциона и перечисления части от суммы сделки в бюджет.
В ходе проведенного в квартире Поповой обыска были обнаружены и изъяты рыба осетровых пород, добытая преступным путем, и икра рыб осетровых пород, приготовленная кустарным способом.
Уголовное дело направлено прокурору для утверждения обвинительного заключения.