В порту Санкт-Петербург было проведено расширение Петербургского нефтяного терминала до мощности 1 млн. тонн в год. В порту Махачкала проведена первая очередь реконструкции и развития Махачкалинского торгового порта - причалы для генгрузов №4, 5, 6 производственной мощностью 0,58 млн. тонн в год и длиной 442 погонных метра.
В порту Усть-Луга введен Универсальный производственный комплекс мощностью 1,8 млн. тонн в год. В порту Темрюк построен временный причал в районе существующего причала №22 мощностью 0,3 млн. тонн в год и длиной 82,5 м, а также первая очередь перевалочного комплекса сжиженных углеводородных газов мощностью 0,15 млн. тонн.
В порту Новороссийск проведена реконструкция причала №26а по отгрузке нефтепродуктов на суда-бункеровщики мощностью 684 тыс. тонн в год. В порту Восточный введена вторая очередь комплекса метанола мощностью 1,3 млн. тонн.
Введен в эксплуатацию Судовой рейд Морского торгового порта Оля в районе протоки Бакланья для стоянки и маневрирования 5 судов, с габаритами: длина - 128,2 метра ширина - 16,7 метра осадка - 4,2 метра, глубина для рейда и канала - минус 32,5 метра. Размеры акватории рейда: число мест для отстоя - 5, способ постановки - в одну линию, расстояние между судами 50 метров, общая длина рейда - 1990 метров, ширина - 450 метров, проходная глубина - 4,9 метра.
По ряду запланированных подпрограммой объектов к вводу в 2007 году, сдача в эксплуатацию перенесена инвесторами на 2008 год, в том числе, комплекс по перегрузке угля в бухте Мучка (порт Ванино) мощностью 12 млн. тонн в год, а также комплекс по перегрузке сжиженного углеводородного газа мощностью 9,6 млн. тонн в год и комплекса по перегрузке сырой нефти мощностью 10 млн. тонн в год в порту Корсаков.