Основными акционерами МНПЗ являются ОАО "Московская нефтегазовая компания" (МНГК - совместное предприятие московского правительства и Sibir Energy), которому принадлежат 38% уставного капитала МНПЗ (50,8% голосующих акций), еще 35,1% акций МНПЗ (36,8% голосующих) принадлежат "Газпром нефти". Около 8% акций принадлежат структурам, близким к "Татнефти".
"Газпром нефть" неоднократно заявляла, что МНПЗ находится на грани банкротства, но компания готова вывести завод из кризиса при условии получения контроля над предприятием. Последнее предложение правительству Москвы состояло в том, что "Газпром нефть" готова приобрести контрольный пакет акций завода. Однако на годовом собрании акционеров МНПЗ было принято решение выплатить дивиденды за прошлый год по привилегированным акциям в размере 1,15 рублей на каждую акцию. Таким образом, контроль над заводом остался у МНГК.
"Газпром нефть" после этого распространила заявление о том, что не исключает возможность судебного разбирательства по решениям акционеров МНПЗ. В случае, если "Газпром нефть" подаст в суд, это будет вторая попытка компании получить контроль над МНПЗ - в 2005 году она и "Татнефть" уже пытались оспорить в суде решение годового общего собрания акционеров Московского НПЗ о выплате дивидендов за 2004 год по привилегированным акциям, пытаясь таким образом признать свои акции "голосующими". Но в ходе нескольких судов (последнее решение Верховного арбитражного суда - 8 июня) решение акционеров МНПЗ было признано законным и контроль остался за МНГК.