Андрей Попов родился 23 июня 1969 года в городе Пятигорске Ставропольского края. В 1992 году окончил Новороссийскую государственную морскую академию по специальности «радиотехника» с присвоением квалификации «радиоинженер». Трудовую деятельность начал в 1993 году.
С июля 1996 по август 2007 года служба в рядах Вооруженных сил Российской Федерации. С августа 2007 по июль 2009 года занимал должность заместителя директора по безопасности Азово-Черноморского филиала ФГУП «Росморпорт». С июля 2009 по март 2012 года – заместитель генерального директора по экономической безопасности ОАО «Сочинский морской торговый порт».