Ранее Агафонов занимал должность заместитель директора по эксплуатации Сочинского филиала предприятия.
Агафонов с декабря 2008 по апрель 2010 года был заместителем директора Сочинского филиала ФГУП «Росморпорт». В апреле 2010 года назначен заместителем директора по эксплуатации Сочинского филиала ФГУП «Росморпорт».
Как сообщалось ранее, с 11 марта 2012 года директор Сочинского филиала ФГУП «Росморпорт» Василий Богословский освобожден от занимаемой должности по соглашению сторон.