Индексация предполагает равномерное увеличение тарифов по всем направлениям грузоперевозок. Правление сохранило исключительные тарифы для 70% от предоставленных в 2011 году. Оставшаяся часть исключительных тарифов была отменена в связи с отсутствием фактических объемов перевозок или внесена в Прейскурант № 10-01 «Тарифы на перевозки грузов и услуги инфраструктуры, выполняемые российскими железными дорогами».
В частности, исключительные тарифы были установлены для перевозки топочного мазута и каменного угля для нужд тепло-, энергоснабжения Камчатского края, на перевозки грузов в универсальных контейнерах по железным дорогам Якутии.