В соответствии с приказом Россельхознадзора от 10 ноября 2011 года № 557 «О Схеме размещения территориальных управлений Россельхознадзора» Управление Россельхознадзора по Приморскому краю именуется как Управление Россельхознадзора по Приморскому краю и Сахалинской области. На основании этого же приказа, Управление Россельхознадзора по Хабаровскому краю, Еврейской автономной и Сахалинской областям именуется как Управление Россельхознадзора по Хабаровскому краю и Еврейской автономной области.
Вместе с тем Управление Россельхознадзора по Приморскому краю и Сахалинской области не является правопреемником Управления Россельхознадзора по Хабаровскому краю, Еврейской автономной и Сахалинской областям. В настоящее время Управление Россельхознадзора по Приморскому краю и Сахалинской области проводит прием имущества и организационно-штатные мероприятия, необходимые для осуществления полномочий Россельхознадзора на территории Сахалинской области.