Кроме того, должностные лица управления регулярно допускали нарушения порядка подготовки и заключения договоров водопользования, а также оставляли без внимания факты неисполнения водопользователями своих обязанностей. Располагая сведениями о нарушениях законодательства, чиновники ведомства не принимали необходимые меры по их пресечению и прекращению права нарушителей на пользование водными объектами. Часто они ограничивались лишь направлением в адрес нарушителей писем, ответственность за неисполнение которых законом не предусмотрена.
Выявлены факты нарушения сроков регистрации прекращения договоров водопользования в государственном водном реестре. С нарушениями законодательства осуществлялось и размещение заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд Управления. В частности, победителями аукционов на проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ признавались организации, представившие заявки, не соответствовавшие требованиям аукциона. Нарушались способы размещения заказов. Реестр закупок, осуществляемых без заключения государственных контрактов, не соответствовал требованиям Бюджетного кодекса Российской Федерации.
Кроме того, в управлении не соблюдались требования законодательства о государственной гражданской службе и противодействии коррупции. Ряд сотрудников при поступлении на работу в ведомство не представил сведения о доходах, имуществе и обязательствах имущественного характера.
Заместитель генерального прокурора Российской Федерации Иван Сыдорук внес представление руководителю Западно-Каспийского бассейнового водного управления Федерального агентства водных ресурсов с требованием об устранении выявленных нарушений и привлечении виновных должностных лиц к ответственности.