Операция по выводу осложнилась тем, что большой десантный корабль «Минск» невозможно было развернуть против течения Невы в узком месте - между Дворцовым и Благовещенским мостами. В результате пришлось ждать прохождения каравана судов в Ладожское озеро и обратного в Финский залив. После этого «Минск» был проведен, с помощью двух буксиров, между опорами Дворцового моста и дальше по Неве. В самом широком месте реки – перед Петропавловской крепостью, корабль удалось развернуть и вывести из Невы в залив. Операцию по выводу кораблей осуществляли те же буксиры, что заводили корабли: «Марс», «Павловск», «Меркурий», «Петергоф», «Уран», «Сестрорецк».
Напомним, в Санкт-Петербург военные корабли «Минск», «Стерегущий» и подводную лодку «Санкт-Петербург» проводили через Благовещенский мост, который ради этого развели на 20 минут раньше. Проводку кораблей осуществляли самые опытные экипажи на 6 маневренных буксирах ООО «Экологический флот» (оператор судов ЗАО «ПОРТОФЛОТ»). Первыми в караване шли буксиры «Марс» и «Павловск», буксирующие большой десантный корабль «Минск». Затем «Меркурий» и «Петергоф» буксировали корвет «Стерегущий». За ними следовала подводная лодка «Санкт-Петербург» (буксиры «Уран», «Сестрорецк»). Самой сложной частью этой операции была буксировка подводной лодки.