При проверке деятельности предприятия Кандалакшская транспортная прокуратура установила, что МТП сбрасывает в Кандалакшский залив Белого моря сточные воды, содержащие взвешенные вещества, железо, нефтепродукты, моющие средства, органические соединения и примеси при отсутствии утвержденных нормативов допустимых сбросов загрязняющих веществ и микроорганизмов. По результатам рассмотрения возбужденного против компании дела об административном правонарушении, территориальный отдел Федеральной службы по надзору в сфере природопользования признал предприятие виновным.
Кандалакшский морской торговый порт расположен в северо-западной части Кандалакшского залива Белого моря. С 1990 года имеет статус международного. Действующие мощности позволяют перерабатывать до 3 млн тонн грузов сложившейся номенклатуры (апатитовый концентрат, уголь, глинозем, металлолом и др.). В порту проводятся работы по обеспечению приема судов грузоподъемностью до 60 тыс. тонн. Грузооборот ООО «Кандалакшский морской торговый порт» за 2010 год составил 862,6 тыс. тонн.