Согласно утвержденному порядку, оператор осуществляет взимание платы за проезд путем приема наличных денежных средств и в безналичном порядке (включая оплату банковскими картами), с использованием технических средств осуществления платежа (БСК и транспондеров), а также путем приема оплаты после оказания услуг по организации проезда по платной автомобильной дороге (только для физических лиц).
Размер платы за проезд по платной автомобильной дороге устанавливается оператором в соответствии с Методикой расчета платы за проезд транспортных средств по платным автомобильным дорогам и максимальным размером платы за проезд транспортных средств по платным автомобильным дорогам.
Расчет ведется для транспортных средств по четырем категориям, в зависимости от количества и высоты осей. На 2011 год максимальный размер платы при использовании открытой системы для водителей транспортных средств первой категории (транспортные средства, у которых высота над передней осью составляет не более 1,3 м и количество осей равно двум) составляет 82 руб, второй категории (транспортные средства, у которых высота над передней осью составляет более 1,3 м и количество осей равно двум) - 143 руб., третьей категории (транспортные средства, у которых количество осей равно трем_ - 229 руб., четвертой категории (транспортные средства, у которых количество осей равно 4 и более) - 372 руб.
Также существует возможность проезда по закрытой системе, и размер платы за проезд зависит от пройденного по дороге расстояния. В этом случае оплата производится на выезде по талону, полученному на въезде, или с использованием бесконтактных смарт-карт (транспондеров). При использовании закрытой схемы максимальная цена за проезд на автотранспорте первой категории составит 9 руб. за км, второй - 16 руб. за км, третьей - 25 руб. за км, четвертой - 41 руб. за км.