До 1 июня 2011 года к Северо-Западному бассейновому филиалу будут полностью присоединены Санкт-Петербургский, Усть-Лужский, Выборгско-Высоцкий и Калининградский филиалы предприятия, а в состав Азово-Черноморского бассейнового филиала войдут Новороссийский, Ейский, Таманский и Туапсинский филиалы ФГУП «Росморпорт».
Укрупненные филиалы создаются для оптимизации системы управления предприятия. Эти изменения направлены, прежде всего, на снижение расходов по содержанию управленческого аппарата, на повышение эффективности использования материально-технических ресурсов и оптимизацию управления производственными активами.