Сейчас, Ространснадзор осуществляет организацию регистрации морских судов, судов внутреннего водного и смешанного «река-море» плавания, включая спортивные (кроме спортивных парусных судов) и прогулочные, а также в случаях, установленных законодательством Российской Федерации, и ведение соответствующих реестров. При этом частью 1 статьи 35 Кодекса торгового мореплавания Российской Федерации установлено, что регистрацию пассажирских, грузопассажирских, нефтеналивных, буксировочных судов, а также самоходных судов с главными двигателями мощностью не менее чем 55 кВт и несамоходных судов вместимостью не менее чем 80 тонн осуществляет капитан морского порта. При этом, согласно действительному Положению о капитане морского порта, утвержденному приказом Минтранса России, капитан морского порта подчиняется непосредственно Росморречфлоту.
Предлагаемая передача в Росморречфлот функций по проведению государственной регистрации морских судов необходима для устранения подобных противоречий и приведения в соответствие Положения о Ространснадзоре и Положения о Росморречфлоте с нормами Кодекса торгового мореплавания Российской Федерации, Кодекса внутреннего водного транспорта Российской Федерации и федерального закона о морских портах.