Сергей Викторович Манойлин в 1977 году с отличием окончил Военный инженерно-техничекий университет по специальности «Строительство морских портов и морских гидротехнических сооружений», после чего продолжил обучение в аспирантуре. Обладает ученой степенью кандидат технических наук. В 2000 году окончил ГИТМО, где получил диплом «Менеджмент в бизнесе».
Трудовой путь Сергей Манойлин начал в инженерно-строительных органах Военно-морского флота, где проработал 16 лет. Затем с 1993 по 2003 год работал в Санкт-Петербургском филиале ОАО «Нефтяная компания «Сургутнефтегаз» в должности директора строительного департамента. С 2003 по 2009 год занимал руководящие должности в ряде коммерческих организаций. Перед приходом в «Компанию Усть-Луга» работал в ЗАО «Подводречстрой-1» на позиции заместителя генерального директора по строительству.