В число этих недостатков включены, в частности, постоянная текучесть кадров в патрульно-постовых и досмотровых службах органов внутренних дел на транспорте и в УВД на метрополитене, низкое материально-техническое обеспечение этих служб и недостаточная профессиональная подготовка их сотрудников. Негативно сказывается отсутствие единой электронной базы научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ (НИОКР) в сфере разработки новых технических средств для обеспечения защищенности объектов транспортной инфраструктуры, что приводит к излишним затратам бюджетных средств на выполнение разными ведомствами схожих работ.
Кроме того, при выборочной проверке в МВД России эффективности расходования средств федерального бюджета в 2009–2010 годах в ходе проведения НИОКР по созданию спецтехники в интересах транспортной безопасности и полноты выполнения договорных обязательств выявлены финансовые нарушения на общую сумму 10,5 млн руб. В том числе выявлены безрезультатные расходы в размере 10,2 млн руб. и избыточные расходы на 0,3 млн руб.
При проведении проверки в ОАО "Российские железные дороги" выявлены нарушения конкурсных процедур в объеме 961,4 млн руб.
Рассмотрев результаты проверки, коллегия Счетной палаты решила направить информационные письма президенту России, в МЧС, Минтранс и Росавиацию. Представление направляется в МВД России. Отчет о результатах проверки направляется в палаты Федерального Собрания России.