Входные молы общей протяженностью более 1,5 км находились в ведении Министерства обороны Российской Федерации и по состоянию на начало 2006 года нуждались в капитальном ремонте. ФГУП «Росморпорт» инициировало принятие решения о необходимости передачи молов предприятию из ведения Минобороны России и их реконструкции.
Для проведения капитальной реконструкции на конкурсной основе был привлечен ряд подрядных организаций. Строительные работы общей стоимостью более 1 млрд руб. продолжались с августа 2006 по декабрь 2009 года. Финансирование работ осуществлялось за счет средств федерального бюджета.
Реконструкция и ввод в эксплуатацию входных молов позволит повысить безопасность мореплавания на Калининградском морском канале.