Техническое задание МИАИС было разработано НИИ «Восход», а конкурс на разработку технического проекта выиграл НИИ «Систем автоматизации». Изначально предполагалось, что МИАИС заработает в 2011 году, однако в связи с созданием Таможенного Союза было принято решение разработать эту систему в качестве национального сегмента более широкой системы Таможенного союза – Интегрированной информационной системы внешней взаимной торговли (ИСВВТ).
Это повлекло некоторые корректировки в первоначальных планах, отметил Георгий Доенин.
МИАИС будет состоять из межведомственного сегмента, ведомственных сегментов и, в частности, сегментов пункта пропуска, за которые отвечает Росграница. Кроме того, система будет содержать модуль нормативно справочной информации (классификаторы товаров, образцы документов и т.п.). За технический проект системы отвечает Минкомсвязи РФ. За технические проекты и оснащение ведомственных сегментов отвечают соответствующие государственные органы (ФТС, Погранслужба ФСБ России и др.).
В идеале предполагается, что после создания данной системы перевозчик при пересечении государственной границы сможет обращаться в службу «одного окна», где будет быстро оформлен и при необходимости досмотрен. Кроме того, для каждого контрольного органа необходимая информация будет поставляться предварительно, еще до пересечения грузом и перевозчиком границы. Как отметил Гергий Доенин, система сконструирована гибко, так, что в случае в нее концептуальных изменений, она может достаточно быстро быть скорректирована.
В то же время, пока остается неясным, какое ведомство будет обеспечивать централизованное управление данной системой. По мнению руководителя Росграницы Дмитрия Безделова, которое он высказал в ходе II Международной практической конференции «Современное управление границей. Международный опыт и возможность его применения в России» в Москве, это может быть структура Минкомсвязи. По мнению других экспертов, - Федеральная таможенная служба или сама Росграница.