Росморречфлотом также рассматриваются вопросы по взиманию регулируемых ФСТ России сборов с судов на внутреннем водном транспорте. С целью выработки консолидированной позиции по вопросу совершенствования законодательства о ценообразовании в сфере внутреннего водного транспорта, в том числе разработки правил применения портовых сборов и сборов по использованию инфраструктуры внутренних водных путей, Росморречфлот обратился в Минтранс России с предложением о создании соответствующей рабочей группы с привлечением представителей ФСТ России, государственных бассейновых управлений водных путей и судоходства, Ассоциации судоходных компаний, Ассоциации портов и судовладельцев речного транспорта.
В настоящее время по ряду государственных бассейновых управлений водных путей и судоходства, ФГУП «Канал имени Москвы» ФСТ России приняты решения об увеличении ставок сборов за услуги в речных портах и на услуги по использованию инфраструктуры внутренних водных путей.