Валерий Борисович Филиппов родился 11 августа 1958 года в деревне Петракова Вельского района Архангельской области. В 1980 году окончил Тихоокеанское высшее военное морское училище им. С.О. Макарова во Владивостоке по специальности «радиотехнические средства» с присвоением квалификации «военный радиоинженер». В 1993 году окончил Военно-морскую академию им. Адмирала флота Советского Союза Н.Г. Кузнецова в Санкт-Петербурге по специальности «командно-инженерная оперативно-тактическая, радиотехнические средства» с присвоением квалификации «офицер с высшим военным образованием».
С августа 1980 по сентябрь 2001 года проходил службу в Вооруженных силах СССР.
С сентября 2001 по май 2004 года последовательно занимал должности ведущего специалиста по средствам электрорадионавигации в секторе по техническому обеспечению систем безопасности мореплавания службы электрорадионавигации и связи, начальника службы связи, электрорадионавигации и информатики в ГУ «Морская администрация порта Новороссийск».
С мая 2004 по июль 2008 года последовательно работал начальником отдела эксплуатации систем безопасности мореплавания, начальником тендерного отдела, помощником директора Азово-Черноморского филиала ФГУП «Росморпорт».
С июля 2008 по июль 2010 года был первым заместителем директора Таганрогского филиала, директором Таганрогского филиала ФГУП «Росморпорт», исполнял обязанности директора Ростовского филиала ФГУП «Росморпорт» без освобождения от занимаемой должности. В июле 2010 года назначен директором Ростовского филиала ФГУП «Росморпорт».