В отчетном периоде в структуре Санкт-Петербургской таможни произошли следующие изменения: ликвидированы Железнодорожный, Выборгский, Пискаревский и Северный таможенные посты. В настоящее время (по состоянию на 30 июня 2010 года) в структуре таможни: 10 таможенных постов, 32 отдела и 9 отделений.
Санкт-Петербургской таможней за 6 месяцев 2010 года в доход федерального бюджета перечислено 58,3 млрд руб. (97,3% плана), что на 9,6 млрд руб. больше, чем за аналогичный период 2009 года.
В настоящее время на все таможенные посты и ОТОиТК, имеющий собственный код, включены в Перечень таможенных органов для применения ЭД2.