Таможенное оформление в регионе осуществляется на таможенном посту Шушарский Санкт-Петербургской таможни (включая Курортный и Приморский районы города Санкт-Петербурга). В соответствии с приказом № 515 в регион деятельности Шушарского таможенного поста также будет включен город Сертолово областного подчинения Ленинградской области, Красногвардейский район города Санкт-Петербурга, железнодорожная станция Октябрьской железной дороги «Санкт-Петербург Финляндский».
В регион деятельности таможенного поста Южный Санкт-Петербургской таможни включены Адмиралтейский, Василеостровский, Петроградский и Центральный районы города Санкт-Петербурга, муниципальные образования Выборгского района Санкт-Петербурга: поселок Парголово, муниципальные образования – муниципального округа Сампсониевское, Светлановское, Сосновское, Парнас.
Таможенное оформление будет усилено за счет увеличения времени работы таможенных постов Юго-Западный, Красносельский, Гатчинский Санкт-Петербургской таможни, прикомандирования к ним дополнительного штата сотрудников.
Для крупных участников ВЭД таможенное оформление также осуществляется на таможенно-логистических терминалах (ТЛТ) вблизи границы. На российско-финляндском направлении это таможенный пост Торфяновский Выборгской таможни. На российско-латвийском направлении - на таможенном посту Овинковский Себежской таможни. Всего в ближайшее время планируется дополнительно открыть еще 9 подобных ТЛТ вблизи границы.
В настоящее время все таможенные посты в регионе работают в штатном режиме. Северо-Западным таможенным управлением осуществляется постоянный мониторинг возможного возникновения очередей по въезду к местам таможенного оформления. Принимаются меры к оперативному их устранению.