Изначально «Енисейторгфлот» создавался как управление рабочего снабжения (УРС) ОАО «Енисейское речное пароходство». Предприятие выполняло задачи по обеспечению всех видов флота, береговых подразделений необходимыми для жизнедеятельности речников и населения Енисейского бассейна продовольственными и промышленными товарами. В 2005 году в СМИ появилась информация о том, что ОАО «Енисейторгфлот» было ликвидировано. Решение об этом принято общим собранием акционеров компании.
ОАО «Енисейское речное пароходство» специализируется на перевозке грузов и пассажиров речными судами, а также судостроении, машиностроении, ремонте судов, строительстве и эксплуатации нефтебаз. ГМК «Норильский никель» принадлежит 43,92% акций пароходства (51,91% обыкновенных акций), Росимуществу - 25,5% акций (32,28%).