Согласно информации компании, в рамках реализации программы развития портовой инфраструктуры ведется строительство, плановый ремонт, а также комплексное техническое обслуживание очистных сооружений и локальных очистных систем на грузовых терминалах, а также в процессе реконструкции устаревших складов и обустройства площадок открытого хранения грузов. За 6 месяцев 2009 года на эти цели направлено свыше 40 млн руб.
За отчетный период 6 млн рублей направлено на реализацию мероприятий по охране водных ресурсов, атмосферного воздуха и рациональному использованию образующихся отходов.
До конца 2009 года на реализацию экологической программы порта, с целью снижения негативного воздействия на окружающую среду, планируется направить около 112 млн рублей.
В группу компаний «Морской порт Санкт-Петербург» входят «Первая стивидорная компания», «Вторая стивидорная компания», «Третья стивидорная компания», «Четвертая стивидорная компания», «Универсальный перегрузочный комплекс» в Усть-Луге, а также сервисные предприятия.
Группа компаний использует новейшие научно-технические разработки для снижения воздействия предприятий на окружающую среду. Экологическая служба ГК «Морской порт Санкт-Петербург» регулярно проводит мониторинг качества поверхностных сточных вод и воздуха, размещения отходов, мест временного хранения и периодичности их вывоза, осуществляет систематический контроль выполнения норм и требований природоохранного и санитарного законодательства.
В 2008 году на реализацию экологической программы группы компаний «Морской порт Санкт-Петербург» направлено 58 млн руб.