Юрий Михайлович Ладыгин родился 21 марта 1960 года в Магнитогорске Челябинской области.
В 1982 году закончил Магнитогорский горно-металлургический институт. С 1982 по 1984 год проходил службу в Вооруженных Силах. С 1984 по 1993 год служил в органах внутренних дел Магнитогорска. В таможенных органах c 1993 года. Начинал с должности главного инспектора группы валютного контроля Магнитогорской таможни. Затем занимал должности заместителя и первого заместителя начальника Магнитогорской таможни.
С октября 2005 по май 2008 года - начальник Челябинской таможни. В мае 2008 года назначен начальником Краснодарской таможни. Юрий Ладыгин награжден медалями «За усердие», «За службу в таможенных органах» II и III степеней, нагрудным знаком «Отличник таможенной службы». Женат, воспитывает двоих детей.