В порту Санкт-Петербург осуществляют деятельность следующие крупнейшие стивидорные компании: ОАО «Морской порт Санкт-Петербург», ЗАО «Первый контейнерный терминал», ОАО «Петролеспорт», ЗАО «Петербургский Нефтяной Терминал». ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» оказывает стивидорные услуги. Общество создано на базе Ленинградского морского торгового порта, общество успешно развивается в условиях рыночной экономики.
Регулирование деятельности морского транспорта в порту Санкт-Петербург выполняет Федеральное государственное учреждение «Администрация морского порта Большой порт Санкт-Петербург». По данным ФГУ, грузооборот Большого порта Санкт-Петербург в январе-июне 2009 года по сравнению с аналогичным показателем прошлого года сократился на 23% - до 22,605 млн тонн. При этом грузооборот порта Санкт-Петербург в июне текущего года снизился на 14% по сравнению с этим показателем 2008 года и составил 4,753 млн тонн.