Грузооборот Магаданского морского порта при необходимости может быть увеличен в 2-2,5 раза. В 2008 году грузооборот порта составил 1075,7 тыс. тонн грузов, что соответствует уровню 2007 года. Основной поток грузов перевозен в период летней навигации – 84% от общего объема, за зимнюю навигацию - 16%.
Как сообщает пресс-служба администрации Магаданской области, характерной особенностью порта является то, что он не загружен на полную проектную мощность. Порт рассчитан на переработку грузов другой номенклатуры и в гораздо больших объемах, чем требуется сегодня. Магаданский морской порт относится к группе портов, обеспечивающих перевалку, в основном, каботажных грузов «северного завоза», поступающих морским транспортом в регион. В существующих границах порт был образован в конце 80-х годов и охватывает территорию общей площадью 32 га с размещенными на ней объектами портовой инфраструктуры. На те годы приходится и пик грузооборота - свыше 4,0 млн тонн.
Морской транспорт имеет важнейшее значение в транспортной схеме доставки и отправления грузов в Магаданскую область и за её пределы. Около 99% грузов на этих направлениях перевозятся морским транспортом, в том числе 100% твердого, жидкого топлива, тяжёлой техники и строительных материалов.