Его возглавил Сергей Вахруков, занимавший должность первого заместителя секретаря Совбеза
Управление по вопросам национальной морской политики образовано в составе администрации президента РФ. Соответствующий указ от 12 июня 2024 года №482 подписал глава государства Владимир Путин. Документ размещен на сайте Кремля.
Согласно указу от 12 июня 2024 года №483, созданное управление возглавил Сергей Вахруков. Этим же документом он освобожден от занимаемой должности первого заместителя секретаря Совета Безопасности.
Сергей Вахруков в 1980 году окончил Рыбинский авиационный технологический институт; в 1997 году — Российский государственный гуманитарный университет. С 1988 года являлся первым секретарем Ярославского обкома ВЛКСМ, в 1991-1996 годах работал в администрации Ярославской области на различных должностях, в том числе первого заместителя губернатора. В 1996-2000 годах был председателем Ярославской областной думы, членом Совета Федерации.
В 2000 году назначен заместителем полномочного представителя президента РФ в Уральском федеральном округе. В 2007-2012 годах занимал должность губернатора Ярославской области. С января 2013 года являлся заместителем министра регионального развития РФ, в декабре того же года стал помощником секретаря Совета Безопасности. С октября 2016 года занимал должность заместителя секретаря Совбеза.