Сергей Шишкарев родился в 1968 году. Окончил Минский государственный институт иностранных языков. С 1992 года работал менеджером железнодорожных и морских перевозок. С 1994 года - директор ООО "Дело" в Новороссийске. С 1998 года - член Совета директоров Новороссийского морского торгового порта. В декабре 1999 года избран депутатом Госдумы третьего созыва. С 26 января 2000 года - зампредседателя Комитета Госдумы по международным делам.