Реорганизация федерального государственного бюджетного учреждения (ФГБУ) «Администрация морских портов Черного моря» в форме присоединения к нему федерального государственного учреждения «Администрация морских портов Тамани» проводилась на основании приказа министерства транспорта РФ от 9 апреля 2015 года № 82. Как сообщает пресс-служба Росморречфлота, 20 августа 2015 года Федеральной налоговой службой внесены изменения в единый государственный реестр юридических лиц о завершении реорганизации.
В рамках реорганизации проведен ряд мероприятий, включающий инвентаризацию имущества и обязательств, а также всех видов расчетов, в том числе по налогам и сборам и прочим платежам в бюджетные и внебюджетные фонды, были утверждены передаточные акты, заключительные балансы и новое штатное расписание ФГБУ «АМП Черного моря».