Согласование границ морских портов Российской Федерации осуществляется с заинтересованным субъектом Российской Федерации, Минрегионом России, Минобороны России, ФСБ России, МВД России, Росрыболовством, Минприроды России, Росводресурсами, Минэкономразвития России, Росреестром.
В 2010 году Росморречфлотом также были подготовлены и направлены в Минтранс России на согласование проекты границ 2 морских портов (Провидения и Игарка), и проекты изменений в границы морских портов Большой порт Санкт-Петербург, Владивосток, Кавказ, Оля, Приморск, Сочи, Темрюк и Туапсе.
Отметим, что всего в России функционирует 64 морских порта.