Новое региональное таможенное управление было создано 12 июля 2010 года приказом ФТС России. В штат СКТУ передано более 2 тыс. ед. должностей сотрудников, федеральных государственных служащих и работников таможенных органов Южного таможенного управления.
В подчинение СКТУ перейдут Дагестанская, Минераловодская и Северо-Осетинская таможни и 16 таможенных постов, входящих в их состав. Кроме того, создана Северо-Кавказская оперативная таможня. Начальником СКТУ назначен полковник таможенной службы Агепсим Ашкалов, возглавлявший ранее Минераловодскую таможню.