По его словам, проект разрабатывается Росморречфлотом и предусматривает создание университетов в Северо-Западном, Южном и Дальневосточном федеральных округах. Объединение высших учебных заведений может начаться осенью 2011 года.
В Северо-Западный университет планируется включить ГМА им. адмирала С. О. Макарова, Санкт-Петербургский государственный университет водных коммуникаций, и, возможно, Волжскую государственную академию водного транспорта в Нижнем Новгороде (решается вопрос о ее включении в Северо-Западный или Южный университеты).
При этом, по мнению Ивана Костылева, Северо-Западный университет должен носить имя адмирала Макарова, поскольку оно является "брендовым".